V roce 2006 zahájila nadace ve spolupráci s Institutem Nadace na ochranu zvířat, o.p.s., projekt s názvem SOS Zvíře. Tento projekt se zaměřuje na pomoc týraným, opuštěným nebo handicapovaným zvířatům napříč spektrem živočišných druhů.
Cílem projektu SOS Zvíře v roce 2017 bylo dále zvyšovat povědomí laické i odborné veřejnosti o tématech ochrany zvířat a to jak z oblasti právní ochrany zvířat (*Animal Rights), tak i životní pohody zvířat (*Animal Welfare); dále o přirozených potřebách zvířat v zájmovém chovu, hospodářských zvířat i volně žijících živočichů, o správné péči o zvířata, o aktuálním dění v legislativě, o možnostech pomoci zvířatům apod.
K naplnění cíle projektu SOS Zvíře přispívalo také rozvíjení spolupráce s orgány státního veterinárního dozoru (Státní veterinární správa ČR a jednotlivé krajské veterinární správy), státní správy a samosprávy (OŽP obcí s rozšířenou působností), s orgány činnými v trestním řízení (Policie ČR, státní zastupitelství), s dalšími zainteresovanými státními institucemi (Komora veterinárních lékařů ČR, Česká inspekce životního prostředí, Agentura ochrany přírody a krajiny) a také nevládními ochranářskými organizacemi (např. ČSOP, SOS Zvířata v nouzi, PesHelp24, Liga na ochranu zvířat, Animal Eye, Společnost pro zvířata aj.), s útulky pro zvířata a se záchrannými stanicemi pro volně žijící živočichy, s odborníky a dobrovolníky v přímé a nepřímé ochraně zvířat v celé České republice a také s odborníky z jiných souvisejících oborů – např. legislativa, zemědělství, biologie.
Velmi důležitá je na úseku ochrany zvířat koordinace aktivit ve smyslu rozdělení kompetencí mezi spolupracujícími organizacemi a jednotlivci, což vede ke zkvalitnění podávaných informací, navrhovaných a realizovaných řešení. Z tohoto hlediska je významnou dílčí aktivitou projektu SOS Zvíře tvorba a rozšiřování databáze a sítě spolupracujících neziskových a dalších organizací i jednotlivců působících v ochraně zvířat a v jiných oborech činnosti.
V rámci projektu SOS Zvíře nabízí nadace bezplatné poradenství (internet, telefon, email, média) pro širokou veřejnost. Pro veřejnost nadace provozuje tel. linku SOS Zvíře (+420 222 135 460) a emailovou poradnu (nadace@ochranazvirat.cz). Veřejnost se může na nadaci obrátit s dotazy a podněty ke konkrétním případům, u nichž je podezření na týrání, zanedbání péče či opuštění zvířete, a také s jakýmikoliv dotazy týkajícími se správné péče o zvířata. Projekt SOS Zvíře se setkal s velkým zájmem ze strany veřejnosti.